工場出荷時ではCD-ROMドライブはRドライブとして認識されていますが、再インストール等によってDドライブとして認識されることもあります。
ドライブ名が違うだけで特に動作上問題ありませんので、このままお使いください。
但し、《ファイル名を指定して実行》等でCD-ROMからアプリケーション等をインストールする際にマニュアルや説明書に「R:\フォルダ名\ファイル名」等と入力する旨の記述のある場合は、「D:\フォルダ名\ファイル名」に変更して入力してください。
【参照】
CD-ROMドライブのドライブ名をDドライブからRドライブに変更したい場合は、当Mebius Q&Aの
「CD-ROMドライブのドライブ名を変更するには?」を参照してください。